Para abrir una ventana nueva con ciertas dimensiones y propiedades (con o sin barras de estado, direcciones…) usaremos Javascript y su función window.open. Algunos ejemplos que hablan por sí mismos:
window.open("http://www.cnn.com/", "CNN_WindowName","menubar=yes,location=yes,resizable=yes,scrollbars=yes,status=yes");
El genérico entendible podría ser algo tal que así:
window.open('enlace.html','NombreVentana','width=400,height=300');
Y el enlace HTML quedaría de la siguiente forma:
<a href="#" onclick="window.open('pref.php','Preferencias','width=400,height=300');">Preferencias</a>